La CUD met en oeuvre sa politique de coopération universitaire au développement par le biais de six programmes qui relèvent d'objectifs bien distincts :

Le programme de Coopération universitaire institutionnelle (CUI) vise au renforcement institutionnel de certaines institutions partenaires dans les pays en développement, en vue de contribuer à leur permettre d'assumer leur mission d'acteur du développement de leur pays et de leur région.

Le programme des Projets interuniversitaires ciblés (PIC) est constitué de projets de recherche stratégique ou de transfert des connaissances au profit des populations locales. Ils sont réalisés dans les pays en développement, en partenariat avec des universités et institutions de recherche du Sud.

Les Pôles de Formations spécialisées, programmes de formations universitaires qui répondent à un besoin régional de formation dans des domaines prioritaires liés au développement.

Le programme Formation, Recherche & Sensibilisation pour le Développement (FRSD) se concentre sur des activités menées principalement en Belgique au bénéfice des pays en développement. Il vise à la fois la formation des ressources humaines des pays en développement, l'appui à la politique de coopération belge par le financement de groupes interuniversitaires de recherche et la sensibilisation de la communauté universitaire belge aux problématiques du développement.

Le programme Bourses octroie, chaque année, 150 bourses de cours et 70 bourses de stages à des ressortissants de pays en développement pour suivre une des formations soutenues par la CUD dans le cadre des cours et stages internationaux.

Le programme Frais de formation vise à financer les universités francophones belges pour les formations qu'elles dispensent, dans le cadre de leur offre générale de formations diplômantes, à des ressortissants des pays en développement.